يشترك الإخوان الإرهابية مع جماعة الحوثي في كثير من المبادئ والأفكار، ضمن أيديولوجيا الإسلام السياسي. يعمل كلاهما على السيطرة على السلطة والانفراد بها، حتى وإن تحدثا عن الشراكة والمدنية والديمقراطية. وتنفرد اليمن بوجود هاتين الجماعتين كقوتين فاعلتين في المشهد، ما يزيد من تعقيد الأزمة على المستويات كافة، سواء على المستوى العام ومستوى المناطق المحررة.
انتهاكات الإخوان، فقد اعتدت ميليشيات الجماعة على حقول آبار مياه الشرب في منطقة جثمة بمدينة سيئون، سعيًا منها لتحويلها إلى ثكنة ميليشياوية مسلحة، ممّا يُعرّض استمرار عمل مشروع مياه الشرب الذي تستفيد منه سيئون والمدن المحيطة للخطر.
الإخوان عملوا على تحويل المجتمع المتمدن في الجنوب إلى بيئات قبلية، وتحويل المدن إلى مراكز للتطرف والإرهاب، ويثير الإخوان القبائل ويفرخون مكونات في الساحل والوادي موالية لهم، من أجل العودة من الباب الخلفي لتعويض خسارتهم المدوية في صنعاء.
قال الدكتور أحمد جباري، الحقوقي والمحلل اليمني: إنّ "حزب الإصلاح، الواجهة السياسية لإخوان اليمن، يعمل وفق حساباته الخاطئة، المبني أساسًا على الهيمنة والاستحواذ والارتباطات المتجاوزة للحدود الوطنية".
وأضاف : يواصل تنظيم الإخوان ممارساته العدوانية في اليمن، الأمر الذي يتجاوز النطاقات الميدانية، واستهداف فئات عديدة بالقمع، كما هو الحال مع الناشطين والصحفيين المعارضين، وكذا النساء، فضلًا عن تجنيد الأطفال والمراهقين. فالتنظيم يعمد إلى إدارة مشبوهة للاقتصاد تؤدي إلى مآلات كارثية، وتدمير مؤسسات الدولة الوطنية وهياكلها.
ولفت إلى أنّ كلًا من حزب الإصلاح التابع لجماعة الإخوان، وكذا تنظيم الحوثي المرتبط بالملالي في إيران، قد نجحا في تدمير اقتصاد اليمن.