بعد العقوبات الأميركية التي طالت أحد أبرز قادة الحركة الإسلامية الإخوانية في السودان وزير الخارجية السوداني الأسبق علي كرتي ، طالب قيادي في قوى الحرية والتغيير باعتبار الحركة جماعة إرهابية وخصوصاً الجناح المتطرف فيها وسط اتهامات لها بالتورط في إشعال الحرب والإصرار على استمرارها من أجل المحافظة على مصالحها .
ويرى محللون أن جماعة الإخوان المسلمين وميليشياتها التي ادّعت أنّها تقاتل بجانب الجيش، فيما هي تفعل ذلك من أجل إضعافه وتفكيكه من الداخل عبر ضباطها الذين سكنّتهم في مفاصله مدة ثلاثين عاماً تمهيداً لانقلاب يعيدها إلى السلطة مجدداً .
ولم يختلف موقف جماعة الإخوان المسلمين عن الحزب الشيوعي كثيراً فقد أعلن حزب المؤتمر الوطني الذراع السياسية للجماعة رفضه الصريح لإيقاف الحرب والتفاوض وقال في بيان نشره على صفحته الرسمية عبر (فيسبوك): إنّ خيار الحسم العسكري هو الخيار الوحيد لإنهاء الحرب .
واعتبر مراقبون أنّ الخاسر الأكبر من وقف الحرب عن طريق التفاوض هي جماعة الإخوان وحزبها المؤتمر الوطني وكان موقع "سودان تربيون" قد كشف عن اجتماع سري تم في سبتمبر المنصرم بمدينة بورتسودان بين قائد الجيش وقيادات إخوانية على رأسها أمين عام التنظيم علي كرتي محذرة إيّاه من مغبة الذهاب إلى أي مسار تفاوضي لإنهاء الحرب.
وكانت الجماعة قد استغلت هشاشة الدولة والسيولة الأمنية التي نجمت عن الحرب في افتتاح معسكرات لتجميع المتطرفين والإرهابيين وتدريب كوادرها على القتال تحت عنوان الاستنفار الشعبي من أجل مساندة القوات المسلحة على القتال، وخصصت لهذه المهمة الإرهابي الإخواني الهارب والمطلوب إلى القضاء السوداني والمحكمة الجنائية الدولية أحمد هارون .
وتخشى الجماعة من أن التوصل إلى حلّ سياسي سلمي عبر مفاوضات جده يعني نهايتها الحتمية لكونها المتهم الأول في إثارة الفوضى وإشعال الحرب والحيلولة دون إيقافها الأمر الذي دفع وزارة الخزانة الأمريكية إلى فرض عقوبات بحق زعيمها المتطرف علي كرتي ، واصفة إيّاه بأنّه اتخذ خطوات لتقويض جهود السودان لإقامة حكم مدني وديمقراطي وعرقل الجهود المبذولة للتوصل إلى وقف لإطلاق النار لإنهاء الصراع الحالي بين الجيش وقوات الدعم السريع .